Інформація

Що означає chrUn у результатах роботи Bowtie на людських послідовностях?

Що означає chrUn у результатах роботи Bowtie на людських послідовностях?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Після виконання вирівнювання, використовуючи bowtie2 та GRCh38 як еталонну послідовність, я отримав незвичайні збіги наchrUn. Ось невелика частина файлу SAM:

@SQ SN: chr22 LN: 50818468 @SQ SN: chrX LN: 156040895 @SQ SN: chrY LN: 57227415 @SQ SN: chrM LN: 16569 @SQ SN: chrUn_KI270424v1 LN: 2140

Усі іншіchrзначення мені зрозумілі (М означає мітохондріальну ДНК, тоді як 22, Y і X - це звичайне число/назва хромосом), але я не міг зрозуміти, щоchrUnрозшифровується і як щодо цього коду після_?


я припускаю chrUn_KI270424v1 означає каркас або послідовність, яка ще не була віднесена до хромосоми. Позначення після Un (невідомо чи не призначено?) може стосуватися певної окремої послідовності або каркаса. Ви зможете визначити це, вивчивши довідкову послідовність та її документацію.

(Моє припущення базується на тому, що можна знайти в різних версіях дрозофіла референтні геноми, з якими я знайомий. Тому я не можу вам допомогти зі специфікою людського геному.)


Це для не призначених послідовностей. Дивіться це посилання з поширених запитань про браузер генома UCSC: https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download11